Candi Pundong secara administratif terletak di Desa Pundong, Kecamatan Diwek, Jombang. Lokasi candi ini berada di halaman belakang ramah salah seorang warga Pundong. Pada lokasi candi tidak dijumpai petunjuk apa pun, oleh karenanya untuk menuju candi ini sebaiknya bertanya pada warga setempat. Dari Jombang Candi Pundong dapat dituju melalui rute: Jombang – Bypass Basuki Rahmad – perempatan lampu merah jalan Pattimura ke selatan – Desa Pandanwangi – Desa Pundong.
Candi Pundong tersusun dari batu bata. Kondisi candi ini sudah tidak utuh lagi, hanya menyisakan kaki candi berdenah persegi dengan ukuran 495 cm x 495 cm. Pada bagian tengah candi terdapat sumuran berbentuk persegi. Pada sumuran tersebut pernah ditemukan peripih dari batu andesit.
Candi Pundong ditemukan pada pertangahan tahun 2007. Sebelum ditemukan candi ini terpendam di dalam tanah, oleh karena itu kini letak candi ini berada dalam kotak galian dengan kedalaman satu meter dari permukaan tanah.
Kesejarahan Candi Pundong masih simpang siur. Hingga kini belum ada keterangan apa pun yang menerangkan mengenai candi ini. Secara umum hanya ada dua pendapat mengenai kesejarahannya. Pendapat pertama manyatakan bahwa Candi Pundong merupakan peninggalan dari masa pemerintahan Pu Sindok raja Kerajaan Medang periode Jawa Timur. Pendapat ini didasarkan pada lokasi Desa Pundong yang terletak tidak jauh dari Desa Watu Galuh. Toponim “Watu Galuh” tercatat dalam beberapa prasasti keluaran Pu Sindok sebagai ibukota baru dari Kerajaan Medang (Mataram Kuno). Di Desa Watu Galuh sendiri memang banyak ditemukan artefak seperti gerabah dan keramik kuno dari masa klasik. Akan tetapi toponim “Watu Galuh” tidak hanya dijumpai pada desa itu saja. Di Jombang ada wilayah lain yang juga memiliki kemiripan dengan toponim “Watu Galuh” yakni Kecamatan Megaluh. Dilihat dari lokasinya yang berada di tepian Sungai Brantas tampaknya Megaluh lebih cocok jika diposisikan sebagai sebuah ibu kota kerajaan.
Pendapat ke dua mengenai Candi Pundong menyatakan bahwa candi ini merupakan peninggalan dari masa Kerajaan Majapahit. Pendapat ini didasarkan pada lokasinya yang tidak jauh dari Trowulan (ibu kota Kerajaan Majapahit di Mojokerto). Hingga Tahun 1909 Jombang masih merupakan bagian dari Kabupaten Mojokerto. Saat itu Jombang masih merupakan wilayah setingkat kawedanan yang areanya meliputi Jombang sekarang ditambah Kecamatan Trowulan (sekarang masuk wilayah Mojokerto). Berdasarkan fakta tersebut, banyak yang berpendapat bahwa Jombang masih termasuk dalam ranah Ibu Kota Majapahit. Oleh karenanya Candi Pundong diperkirakan sebagai peninggalan Majapahit.